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No se pudo leer del archivo de origen. Por favor, compruebe si se ha movido o ha sido eliminado.

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Habeis revisado completamente el proyecto y nada ha sido movido o reemplazado. En Adobe forums hay una posible solución:

There’s an issue with Adobe Media Encoder in CS4 where encoding will fail after CS3 is uninstalled.
If you never had CS3 installed on your machine – no problem.
If you never had CS3 and CS4 installed at the same time – no problem.
If you had CS3 and CS4 installed concurrently, then uninstalled CS3 – Houston, you have a problem.
You will need to uninstall CS4 and then reinstall CS4.
The error message is:
Encoding Failed
Could not read from the source. Please check if it has moved or been deleted.
One more thing I forgot to mention, this is a Win-only issue.

Esto ocurre si tenias instalado Adobe Premiere Pro CS3, instalaste el CS4 y luego borraste el CS3. Sabiendo esto solo tienes que volver a reinstalar el CS4 y todo funcionara otra vez a la perfección.

A veces te vuelves loco con este tipo de errores pero todo tiene su lógica. Espero que os sirva de ayuda.

- Windows no detecta camara HDV

- Nos pide un driver para la camara ‘AVC subunit’ (actualmente ninguna camara viene con sus drivers)

- Adobe Premiere, Sony Vegas ni ningun programa detectan la videocamara.

Después de buscar a través de diversos foros, y de varios dias de romperme la cabeza finalmente dí con la solución. A mi parecer, creo que si tenemos una verison de windows que no es la original, pueden faltar estos drivers que deberian venir incluidos en el programa. Bastará con instalarlos de nuevo y ya podremos volver a capturar.

Podeis descargaros el driver aqui